NPT.MDP

Integrator:

Tipo de integrador

tinit:

tempo de início da Dinâmica. (nem sempre se quer começar de t = 0 ) pg 193

dt :

tempo de integração

nsteps :

número máximo de passos

init-step :

indica um "delay" no cálculo

comm-mode :

constraints no centro de massa

nstcomm :

frequência com a qual são feitos os constraints do centro de massa

comm-grps :

grupo que sera aplicada as restrições de centro de massa

nstxout :

número de passos que as posições serão salvas no arquivo *.trr

nstvout :

número de passos que as velocidades serão salvas no arquivo *.trr

nstfout :

número de passos que as forças serão salvas no arquivo *.trr

nstcheckpoint :

tempo entre a criação dos arquivos de checkpoint

nstlog :

número de passos que o arquivo *.log será salvo

nstenergy :

número de passos que as energias serão salvas no arquivo *.edr

nstxtcout :

número de passos que as posições serão salvas no arquivo *.xtc

xtc-precision :

precisão na escrita da coordenada no arquivo *.xtc

xtc-grps :

grupos cujas coordenadas são salvas no arquivo *.xtc; nenhum valor serão todos!

energygrps :

grupos cujas energias são escritas no arquivo *.edr; nenhum valor serão todos!

nstlist :

frequência de update da lista de vizinhos

ns-type :

escolhe o método de determinacao de vizinhos dentro da caixa

pbc :

tipo de condição periódica de contorno; default: xyz

rlist :

cutoff da lista de vizinhos

domain-decomposition :

se aplica ou não domain-decomposition no cálculo das forças

coulombtype :

determina o método para as interações de Coulomb; opções: cutoff, PME, PPME, etc

rcoulomb-switch :

cutoff das interações de Coulomb

rcoulomb :

cutoff das interações de Coulomb

epsilon-r :

constante dielétrica

vdw-type :

método para cálculo das interacões de van der waals; opções: cut-off, PME, etc.

rvdw-switch :

possibilidade de se alterar entre métodos de cálculo de interacões de Van der Waals

rvdw :

cutoff das interações de van der Waals

DispCorr:

aplica correção na energia e/ou pressão (depende do método ) de "longo alcance" pg. 203

table-extension:

distância ( nm ) além do cutoff para detecção de potenciais non-bonded. 203

fourierspacing:

vetor de onda para Coulomb recíproco

fourier-nx :

componente x do vetor de onda

fourier-ny:

componente y do vetor de onda

fourier-nz:

componente z do vetor de onda

pme-order:

número de grid points para o mapeamento das cargas no PME

ewald-rtol:

força relativa para o potencial deslocado de Ewald

ewald-geometry:

tipo de geometria para realizar a soma de Ewald; default: 3d, 3dc (slab)

epsilon-surface :

controla a correção de dipolo na geometria 3d; default=0 significa que está desligado

tcoupl:

método de acoplamento de temperatura; opções: berendsen, v-rescale, nose-hoover, andersen

nsttcouple:

(-1) frequência para o acoplamento de temperatura: igual 100

nh-chain-length:

número de chains para o termostato de Nose-Hoover para os integradores de velocity-verlet. Leap-frog deve ser 1

tc-grps :

grupos inclusos no acoplamento ( system -- > todo o sistema )

tau-t:

frequência em que o acoplamento de temperatura é ligado

ref-t :

temperatura de referência

Pcoupl:

método de acoplamento de pressão; opções: berendsen, c-rescale, Parrinello-Rahman, MTTK

Pcoupltype:

tipo de isotropia do acoplamento de pressão; opções: isotropic, semiisotropic, anisotropic, surface-tension

nstpcouple :

(-1) frequência para o acoplamento de pressão, que resulta em 100. Para integradores tipo velocity-verlet deve ser 1

tau-p :

frequência em que o acoplamento de pressão é ligado

compressibility:

valor de compressibilidade; default: 4.5e-5 para água à 1 atm e 300 K

ref-p:

pressão de referência

andersen-seed :

gerador aleatório para o termostato de Andersen

gen-vel :

Gerar ou não as velocidades segundo Stefan-Boltzmann

gen-temp:

temperatura utilizada na distribuição de Maxwell-Boltzmann

gen-seed:

seed para dar velocidade iniciais randômicas

constraints :

trata algumas ligações ou ângulos como fixos

constraint-algorithm :

algoritmo usado para fazer os constraints; opções: LINCS ou SHAKE (usado para água apenas)

continuation :

NO: aplica constraints para a config inicial

shake-tol:

tolerância relativa do algoritmo shake

lincs-order :

ordem de expansão para a matrix de acoplamento de constraint do LINCS; opções: 4, 6 ou 8

lincs-iter :

número de iterações para corrigir o desvio

lincs-warnangle :

angulo máximo de deformação no LINCS

morse :

representação das ligações por um potencial harmônico ( no ) ou por potencial de Morse ( yes )